Zakład Chemii Organicznej wyłonił się w strukturze Instytutu Chemii i Technologii Organicznej w wyniku restrukturyzacji Zakładu Chemicznej Technologii Węgla na przełomie lat 70-tych i 80-tych XXw. Tradycyjne, realizowane od początków istnienia Zakładu kierunki badań naukowych związane są fizykochemią związków heterocyklicznych oraz chemią leków. Tematyka ta była koordynowana m.in przez prof. Mariana Woźniaka, prof. Stanisława Bogdała oraz prof. Piotra Kowalskiego. Ponadto, na początku lat 80-tych XXw, zainicjowano badania nad reakcjami nukleofilowego podstawienia w układach heteroaromatycznych. Najnowsze kierunki badań naukowych rozwijanych w Zakładzie, związane są z chemią alifatycznych nitrozwiązków oraz fizyczną chemią organiczną, ze szczególnym uwzględnieniem eksperymentalno-teoretycznych badań mechanizmów reakcji organicznych (reakcje [2+2], [3+2], [4+2], [4+3] cykloaddycji, procesy termicznej eliminacji oraz przegrupowania sigmatropowe) w roztworach. Badania te realizowane są w zespole prof. Radomira Jasińskiego.